Соник, Наклз и Тейлз воссоединяются против нового могущественного противника, Шэдоу, таинственного злодея с силами, не похожими ни на что, с чем они сталкивались раньше. Героям во что бы то ни стало надо остановить Шэдоу и защитить планету.