События фильма разворачиваются в ближайшем будущем в Японии. Нобухико Комёдзи – эксперт по роботам. Он возглавлял проект «Ковчег» и создал робота Кикайдера. После загадочной смерти Нобухико, Кикайдер начинает борьбу с «Ковчегом», который сильно отклонился от своей первоначальной миссии.